El Programa de Reconocimiento a la Excelencia se despliega a través de dos subprogramas: Reconocimiento a la Excelencia y Premios a la Calidad e Innovación en la Gestión Pública. Su alcance incluye tanto a la A.G.E como a los niveles autonómico y local de las Administraciones Públicas españolas.
Dentro del Subprograma de Reconocimiento a la Excelencia, las certificaciones de la Agencia pretenden consolidar la práctica de la autoevaluación mediante el reconocimiento externo en forma de certificación conforme a modelos de calidad reconocidos: EFQM, EVAM y CAF. Las certificaciones de la AEVAL se extienden, asimismo, a las Cartas de Servicio, las cuales, sin embargo, se encuentran en esta web en un apartado posterior, el de Gestión de Cartas de Servicios.Los Premios a la Calidad e Innovación en la Gestión Pública están destinados a reconocer y galardonar a las organizaciones públicas que se hayan distinguido en la excelencia en su rendimiento global por comparación a modelos de referencia reconocidos, la innovación en la gestión de la información y del conocimiento, así como de las tecnologías y la calidad e impacto de las iniciativas singulares de mejora implantadas.
El Premio a la Excelencia se convoca anualmente. Los Premios a las Buenas Prácticas, en sus dos modalidades, Buenas Prácticas en los Servicios Públicos (Ciudadanía) y Buenas Prácticas de Gestión Interna, se convocan bienalmente. Los Premios a la Gestión del Conocimiento se convocan asimismo en períodos bienales y de modo alterno a los de Buenas Prácticas.